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根據對立統一的原則，為江戶以來的日本陽明學派設計了一個對立面—朱子學派，然後根據正反合原則，把中立于陽明學和朱子學之間的學者劃歸為“古學派”，企圖折衷二者矛盾的學者的歸納為“折衷學派”,最後把都不沾邊的學者劃歸為“獨立學派”。
在此之上該書詳細論述了日本陽明學從江戶到明治時期的傳承，按流派和人物全面論述了日本陽明學派的源流、內容和特徵。井上哲次郎的《日本陽明學派之哲學》是迄今為止日本陽明學最權威的著作，為日本陽明學在日本學術界掙得了正式的話語權。
《日本陽明學派之哲學》對中國學者的影響非常深遠。如戊戌變法失敗後逃亡日本的梁啟超的日本陽明學修養和知識見聞基本上來源於該書;張君勱的《中日陽明學比較》以該書為知識源泉;朱謙之的《日本古學及陽明學》以該書為藍本寫成。
