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在這個科學已死的異世界裡，人們透過魔法發展出了名為「魔學」的科技──其中被命名為『福音』、宛如咒語般的技術，則是成為了社會發展的根基。
一切魔學因為『福音矛盾』的關係而無法使用，就這樣過了八個月之後──於高尾山大聖堂阻止了『人柱計畫』的元，為了支援美羽以及結花的工作，每天都過得十分忙碌。當人民對於無法使用魔學一事感到既恐慌又不滿時，極東日本國忽然正式宣布承認科法為「科學」，導致眾多魔學使對此進行撻伐。雖然元的能力應當是解決『福音矛盾』此一問題的主要關鍵，但偏偏他在高尾山事件之後，就變得無法使出那股力量了──！？
劍姬與鎗姬交織而成的刀光劍影，帶來新世代魔法科學大戰的動作戀愛喜劇第２彈！
