“黑色巨人”阿梅勒斯和朗基努斯之槍給地球帶來了前所未有的天變地異……而這正是為了新一輪“人類補完計劃”進行的“重置”。真嗣和超級EVA在北非的“肢體峽谷”向阿梅勒斯發起挑戰,在“心臟”被奪走後敗北。明日香和二號機融合在了一起,變成紅色巨人“深紅A1”回到地球。綾波零“朵洛娃”和“卡朵兒”依然為自己存在的意義感到迷惘……適格者們將會何去何從呢?
人類為了對抗阿梅勒斯及其爪牙,嘗試展開了大規模的反擊戰,這一箭能對神一樣的存在發揮作用嗎?
山下育人,日本岐阜縣出身,畢業於日本名古屋藝術大學美術系,知名動畫《新世紀福音戰士》《戰鬥妖精雪風》《飛躍巔峰》的機械設計師,同時也是劇本家、小說家,其繪製的各類機械作品在全球範圍內得到了很高的評價。