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《針灸大成》刊於明萬曆二十九年(1601)，內容十分廣泛，首論《內經》、《難經》中有關針灸的論述，其次有針灸歌賦選、經絡腧穴、刺法針法、灸法、針灸證治、楊繼洲醫案和小兒按摩法，是楊繼洲在其家傳《衛生針灸玄機秘要》一書的基礎上，又匯集了《醫經小學》《針灸聚英》《標幽賦》《金針賦》《神應經》《醫學入門》《古今醫統》等20餘位醫家的針灸資料編撰而成。
仰人周身總穴圖
伏人周身總穴圖
針道源流
針灸直指
針灸方宜始論
刺熱論
刺瘧論
刺咳論
刺腰痛論
奇病論
刺要論
刺齊論
刺志論
長刺節論
皮部論
經絡淪
骨空論
刺水熱穴論
調經論
繆刺論
經刺論
巨刺論
手足陰陽流注論
衛氣行論
診要經終論
刺禁論
刺法論
難經
周身經穴賦
百癥賦
標幽賦
席弘賦
金針賦
玉龍賦
通玄指要賦
靈光賦
攔江賦
流注指微賦
五運主病歌
六氣為病歌
百穴法歌
十二經脈歌
玉龍歌
勝玉歌
雜病穴法歌
雜病十一穴歌
長桑君天星秘訣歌
馬丹陽天星十二穴治雜病歌
四總穴歌
肘後歌
回陽九針歌
針內障秘歌
針內障要歌
補瀉雪心歌
行針總要歌
行針指要歌
刺法啟玄歌
針法歌
策
諸家得失策
頭不多灸策
穴有奇正策
針有深淺策
等
