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分上下二卷，計七十篇。內容包括內、外、婦、兒各種疾病的辯證論治方法，每述一病，先脈診、次審診、次辯證。未論治法。指示出臨床治療，「必先求諸脈，而因、而證、而治，四者井然」，方能無誤。
《脈因證治(校點本)(第2版)》系丹溪門人《丹溪手鏡》等書精要，繼承總結丹溪的臨床經驗編寫而成。舊題丹溪撰，歷來視為學醫津梁。茲以合志堂刊本為藍本，進行重新效勘、標點，供探討研究丹溪學術思想者及臨床醫師參考。
序
小引
脈因證治卷上
一、卒屍
二、痹
三、痙即痙也
四、痿
五、厥
六、傷寒
七、大頭腫痛（附：蝦蟆瘟）
八、霍亂
九、瘟病
十、傷暑
十一、瘧
十二、疸
十三、勞（附：勞極、煩熱、勞瘵）
十四、熱
十五、吐衄下血
十六、下痢
十七、泄
十八、自汗頭汗
十九、淋（附：小便不禁、腎藏風）
二十、頭目痛（附：腦痛、眉骨痛）
二十一、眩運
二十二、心腹痛
二十三、腰痛（附：腰胯腫痛、腰軟）
二十四、肩背痛（附：腰髀痛）
二十五、脅痛（附：身體痛）
二十六、逆痰嗽
二十七、喘（附：哮）
脈因證治卷下
二十八、宿食留飲（附：痰飲）
二十九、噯氣、吞酸、嘈雜
（附：□氣）
三十、積聚（附：痰塊）
三十一、消渴
三十二、痞
三十三、腫脹
三十四、嘔吐噦
三十五、噎膈
三十六、瘡瘍
三十七、癰疽（附：癭瘤）
三十八、乳癰
三十九、瘰
四十、發癍
四十一、丹疹
四十二、金瘡（附：油、火、刀、犬等傷）
四十三、傾仆
四十四、百藥中傷
四十五、癲狂（附：癇）
四十六、驚悸
四十七、疝癲
四十八、腳氣
四十九、蟲（附：狐惑）
五十、喉痹
五十一、口
五十二、舌
五十三、目
五十四、耳
五十五、鼻
五十六、齒
五十七、結燥
五十八、痔漏
五十九、婦人產胎
六十、帶下
六十一、經候
六十二、崩漏
六十三、小兒證
六十四、雜證
六十五、雜治
六十六、五臟證
六十七、七情證
六十八、雜脈
六十九、察視
七十、汗
脈因證治（校點本）方劑索引
