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由于《菜根譚》采用了開放性的編纂形式，全書沒有嚴密的邏輯聯系，所以極大地方便了流傳過程中不同刊刻者對其進行重編與補輯工作，現存版本多達二十余種，大致分為兩個系統︰一種不分卷，分為前、後兩集，共362條；另一種分前、後兩卷，又分為修省、應酬、評議、閑適、概論五個部分，共408條。
現存明刻本屬于前一系統，大部分清刻本屬于後一系統。兩個系統不僅在編排形式上差異顯著，條目數量和內容亦相去甚遠，僅有半數條目基本重合。總體來看，在兩個版本系統中，《菜根譚》一書的性質並未發生變化，所要傳達的思想也沒有本質差別；前—系統的版本更接近原作面貌，後一系統相對來說更方便閱讀，所以我們此次也采用後一系統中的刻本，即武進陶湘1927年序刻的《還初道人著書二種》之一的這本書的刻本。
隨著時代變遷，《菜根譚》中一些觀念已經顯得極其消極陳腐，沒有多大意義，而且書中許多條目翻來覆去表達相似的思想內容，所以洪應明等從中精選264條，進行注釋、翻譯和點評，使之既能展示古代人的人生智慧，又貼近當代人的現實生活。
修身
應酬
評議
閑適
概論
