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德川幕府時代，禁教令下長崎海邊的村莊，葡萄牙耶穌會教士洛特里哥偷渡日本，暗查恩師因遭受“穴吊”而宣誓棄教一事，因為這事在當時歐洲人的眼中，不只是個人的挫折，同時也是整個歐洲信仰、思想的恥辱和失敗。《沉默》故事的精髓主要體現在洛特里哥傳教與尋訪的艱難過程中，信仰與反叛、聖潔與背德、強權與卑微、受難與恐懼、堅貞與隱忍、掙扎與超脫……所有的兩難情境都逼迫著他對基督的信仰進行更深層且更現實的思索，最終，他仿佛也走過一趟恩師的心路歷程，獲得對信仰的詮釋與實踐，向無邊蒼穹敞開了心扉……
