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達爾文曾在著名作品《物種起源》中，公開承認他的進化理論存在重大缺陷，即無法解釋寒武紀生命大爆發，因無法找到其前體化石或中間過渡態證據，也成了達爾文抱憾終身的疑問。在《達爾文的疑問》一書中，斯蒂芬•邁耶圍繞「寒武紀生命大爆發」這一神秘問題展開討論，清晰、真實、嚴謹、全面，富有邏輯性且信息量巨大。
書稿圍繞主題論點，提出各種「進化論」嚴重錯誤的證據，從正面肯定了智能設計理論。科學論證了生命起源於一種科學的智能設計運動，而非自然選擇和進化突破。
《達爾文的疑問》清楚、准確地描述了「寒武紀生命大爆發與生命起源」的各個層面。他的書為進化研究的變革者尋求動物起源新理論方面指出了正確方向。邁耶延伸了他上一本書《細胞簽名》里所描述的令人信服的理由，邁耶贊同智能設計理論，該理論堅信宇宙和生命體的某些特征可以被智能設計而不是諸如自然選擇一類的無導向過程，並最終成為寒武紀生命起源的最佳詮釋。
《達爾文的疑問》，全書由三部分組成：第一部分，失蹤的化石之謎，該部分講述了達爾文的生物進化理論，闡明了達爾文的疑問，寒武紀大爆發生命起源問題，科學家們無法找到史前化石證據支撐達爾文進化學說；第二部分，如何創建動物，從基因、蛋白質大分子，表觀遺傳學角度分析生物進化論；第三部分，達爾文之后是什麼？提出智能設計論，案例式科學分析其可行性。
《達爾文的疑問》由美國人斯蒂芬•C•邁耶編寫，英國劍橋大學科學哲學博士。現任華盛頓西雅圖發現研究所科學與文化中心主任，探究生命起源，智能設計運動發起人之一。
他撰寫的《細胞簽名》，被評為「泰晤士報文學增刊年度獎」。梅爾在美國國家電視網，主要電台談話節目和美國國家公共廣播電台，基督教的主要媒體頻頻露面。他還曾2次登上《紐約時代周刊》的頭版故事。
引言
第一部分 失蹤的化石之謎
1 達爾文的復仇女神
2 伯吉斯動物寓言集
3 柔軟的軀體和強硬的真相
4 並未失蹤的化石？
5 基因講述的故事？
6 動物生命之樹
7 間斷平衡！
第二部分 如何構建動物
8 寒武紀信息大爆發
9 組合通脹
10 基因和蛋白質的起源
11 假設一個基因
12 復雜適應性及新達爾文主義數學
13 軀體模式的起源
14 表觀遺傳革命
第三部分 達爾文之后是什麼？
15 后達爾文主義世界和自組織
16 后(新)達爾文主義時代
17 智能設計的可能性
18 寒武紀大爆發設計的征象
19 科學的規則
20 面臨的風險
致謝
注釋
