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魔法正式成為現實的技術，已經將近一個世紀。 國立魔法大學附屬第一高中──俗稱「魔法科高中」。一對新生兄妹準備進入這所學校就讀。 哥哥是擁有某種缺陷的劣等生。 妹妹是全面完美無缺的優等生。 從這一刻起，在這原本平靜的學習園地，風波不斷的日子即將展開。 司波兄妹的妹妹．深雪依首席入學生的慣例，成為學生會的一員。另一方面，劣等生哥哥．達也其入學考中未獲評價的能力得到認可，也順利成為第一個二科生風紀委員。然而，這卻引來了新的麻煩──
