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魔法正式成為現實的技術，已經將近一個世紀。
國立魔法大學附屬第一高中──俗稱「魔法科高中」。一對新生兄妹準備進入這所學校就讀。
哥哥是擁有某種缺陷的劣等生。
妹妹是全面完美無缺的優等生。
從這一刻起，在這原本平靜的學習園地，風波不斷的日子即將展開。
紗耶香等人吶喊著要廢除「因魔法而生的歧視」，而他們的活動，不久便發展成撼動整個學園的大事件。身為二科生（雜草）卻擁有「規格外的才能」的達也，以及比任何人都敬愛哥哥的一科生（花冠）深雪……兄妹倆攜手，迎戰這次事件！
