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現代日本的高中生「砂塚茂」跟他的同學「風間明夫」一起去了只限風間家的一家之主才能去的聖域，聖域裡有三座圍成三角形的鳥居，當到了某個季節特定的時間時，就會產生一股神秘的力量，將人捲入時空之中，回到了日本的戰國時代。他們兩人回到了慶長八年(西元1603年)，被捲入「風魔」和「伊賀」忍者之間的戰鬥中。之後，他們的級任導師「小香香」竟然也回到了過去……
