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2012年東京都墨田區，隨著世界第一高的建築物『晴空塔』的完成， 從『晴空塔』產生謎樣的粉塵，使全世界人口約50億人變成『惡魔』。 『惡魔』除了對人類的殺戮外，沒有其他任何目的。 之後三十年，對惡魔機關『腔棘魚』持續在這絕望的世界中對抗惡魔， 立志加入『腔棘魚』的飛坂凜太郎，想要對這世界引發「革命」。
