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時值明治。 距離帝都遙遠的山口縣小村莊, 發生一夜間遭全滅之事件。 陸軍特秘機關零武隊著手調查此一事件, 零武隊隊長之子日明天馬與友人帝月、 琉璃男同時來到赤間關(現在的下關市)。 在這兒,他們看到的是—— 「不可能存在於這個世上的東西」!