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宇宙世紀0079年，吉發公國對地球聯邦政府發起了獨立戰爭。
少年阿姆羅．雷在一場戰亂中，意外的撿到鋼彈，並以它擊退了吉翁的薩克。紅色彗星夏亞潛入月神二號基地，並且炸毀基地動力來源，使基地癱瘓。
白色基地被迫離開月神二號，準備航向地球，但卻冷不防再度遭到夏亞的偷襲
