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西曆2000年,船隻在修學旅行途中遭大浪襲擊後,夏月莫名地漂流到了揭竿起義前的天草。應率領大家起義的主謀人天草四郎已經身亡,酷似四郎的夏月被迫成為四郎,介入了起義事件中。而八塚則成為富岡城代,專門獵殺切支丹,與夏月形成對峙。這期間,夏月也遇見了宮本,可是,宮本已經失去2000年的記憶,成了幕府旗下的小倉藩的軍師--