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在一年戰爭末期，呈現敗象的吉翁軍紛紛從地球戰線撤退，然而卻有一小支的精銳在上級授命下，悄然的逼近聯邦軍的北極基地；「目標聯邦新型MS；鋼彈NT─1！俘獲或摧毀！」
吉翁特務部隊「獨眼巨人」一路追擊至SIDE─6殖民地，在這處大戰中唯一的中立地帶裡，正當人們要歡天喜地迎接宇宙世紀0080年的到來之際，一名孩童親眼目睹了一場改變他一生的──「口袋裡的戰爭」……
