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相傳水之民為了感謝大海的恩惠與神奇寶貝們，建造了一座海之神殿，其中藏有神秘寶物．海之王冠。小智一行人在旅途中遇見小碼頭馬戲團與神奇寶貝保育家阿傑，並自願護送人稱蒼海的王子的神奇寶貝瑪納霏回到海之神殿。但一心想得到海之王冠的海盜．幽靈出現搶奪瑪納霏！究竟眾人是否能順利完成任務？神奇寶貝瑪納霏又擁有什麼力量！？
