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舞台是大財閥八代集團所引以為傲的豪華郵輪－阿芙洛蒂號。科南等人接受了園子的邀約，參加了這艘船值得紀念的處女航。可是，在船內卻發生了殺人事件，八代集團的會長也行蹤不明！為了此事件，科南、警視廳搜查一課，甚至連小五郎都獨自展開了搜查，但是…以太平洋為舞台的大規模推理戰，就此展開！
