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小智帶著大木博士所給的皮卡丘，一起踏上修行之旅，目的是要成為世界第一的神奇寶貝專家。途中與同為訓練師的小霞與小剛成為好友並結伴同行，至今仍在世界各地與練功場首領及訓練師決鬥。緊追在小智他們後面的，則是以征服全世界為目標的邪惡祕密組織－火箭隊。他們認為皮卡丘具有神奇的力量，所以誓言非搶到皮卡丘不可，因此不論小智他們走到哪都會遇見火箭隊，但每次交手，火箭隊都輸得一蹋糊塗。
小智他們與金黃市的娜姿、彩虹市的莉佳等神奇寶貝練功場的首領交過手後，都順利地取得徽章。接著他讓剛收服的火爆猴上場參加格鬥大會的比賽，火爆猴也很爭氣地贏得冠軍，隨後又把牠送給鬥魂練功場的戽斗。才剛與小智建立起感情的火爆猴眼角泛著淚光…
接下來他們的目的地是淺紅練功場了！
