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為了取得參加神奇寶貝聯盟賽的資格，小智必須收集各地的練功場徽章，而展開了訓練師的修行之旅。和他同行的有最佳拍檔----皮卡丘、小霞、小剛，以及仍只算個小嬰兒的波比克；另外，還有一群神奇寶貝也是他的重要夥伴喔！
在得到第六枚勳章後不久，小智一行人在繞行的旅途中和天才攝影師阿徹成為朋友；又挑戰了神奇寶貝鑑定考；之後，連武藏與小次郎的對手都出來露了臉。總之，經歷了許多事件。
即使如此，他們的友誼和團隊的力量克服了阻礙！一行人終於到達了第七個練功場的所在地----紅蓮島。在這裡遇見了喜歡出謎語的別莊老闆，他正是紅蓮島練功場的首領----夏伯。在對站中，從岩漿裡現身的鴨嘴火龍，是一隻會使用火焰系最厲害的必殺技----「大字爆」的超強勁敵！！皮卡丘面臨空前的危機！究竟，最後的贏家到底會是誰呢？
