來自真新鎮的小智立志成為世界第一的訓練師,正展開神奇寶貝的修行之旅。為了能爭取參加神奇寶貝訓練師的最高榮譽-神奇寶貝聯盟賽的參賽權,他走遍世界各地的練功場,每天都過著與練功場的首領決一勝負,取得徽章的日子。他與小霞、小剛等訓練師結伴同行,今天也是為了取得下一個徽章,而繼續展開旅行。
這一路下來,小智過關斬將,每戰必勝。不過,此時卻敗給了金黃巾內使用超能力神奇寶貝-勇吉拉的娜姿。要對付超能力神奇寶貝,只有得到幽靈神奇寶貝才有辦法。於是小智一行人來到紫苑鎮的神奇寶貝塔,決定取得住在塔內的幽靈神奇寶貝。不過,在這裡面住的卻是世界稀有,愛搞笑的幽靈神奇寶貝。喜歡搞笑的鬼斯通,跟著小智上路,這樣的神奇寶貝能贏得過娜姿嗎?