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武藤遊戲是一個就讀童實野高中的普通學生。有一天，他從開玩具店的爺爺手中，得到了一個奇特的「千年積木」，據說完成這個千年積木的人，就可以許一個願望，而遊戲的願望，就是要一個永遠陪在身邊、不會背叛的好朋友。在遊戲的耐心之下，終於將千年積木完成了。就在完成的同時，遊戲的體內也出現了另外一個人格，第二個遊戲不但充滿自信，也擁有不可思議的力量。靠著另一個人格的幫忙，遊戲渡過了許多的難關，也擊潰了許多卑鄙的敵人。
期間，遊戲不但因為「青眼白龍」這張遊戲卡片而與海馬瀨人結下了不解之緣，也因為他身上的「千年積木」，而遇到各種不同千年神器，其中有千年鑰匙和千年天秤的夏迪，千年輪的貘良，千年眼的貝卡斯，千年首飾的伊西絲，以及最後的千年神器，千年錫杖的馬利克。他們有的給予遊戲試鍊，有的跟遊戲作對，也有的是給予遊戲協助。在歷經多場的戰鬥之後，遊戲終於取得傳說中的三張神之卡，確認另一個遊戲的真實身分，就是三千年前的無名法老王。為了尋找他真正的名字，遊戲前往三千年前的世界，尋找他失落的記憶。然而，三千年前的世界卻讓遊戲大為震驚，因為服侍法老王的六神官當中的瑟特神官，居然酷似他的宿敵．海馬瀨人…
