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在聖誕夜，草薙素子追蹤著超巫師級駭客FIRE・STARTER，並帶領小隊成員來到了新港市，監視反對水資源買賣的示威遊行。 這時，警察部隊突然對參加示威遊行的市民開槍。這是有駭客同時操控了100個警察。使出這種前所未見技術的犯人是？他的目的又是什麼？草薙及巴特等人為了拿到特務權限……為了創設正式部隊，他們將要解決這次的事件！
