宇宙世紀0087年，反地球聯邦組織「幽谷」﹝A.E.U.G.﹞為爭取太空居民的獨立自治權而向聯邦軍宣戰。而迎擊的則是菁英部隊「迪坦斯」﹝TITANS﹞。捲入這場戰鬥的少年卡密兒．維丹，奪取迪坦斯的新銳MS「鋼彈Mk-Ⅱ　」之後加入了幽谷。隨著戰火的擴大，幽谷開始實行聯邦軍根據地的降下作戰……