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蓮池大師的佛學思想，主要在於融合各宗同歸淨土。在他的《普勸念佛往生淨土》一文中說的：「若人持律，律是佛制，正好念佛；若人看經，經是佛說，正好念佛；若人參禪，禪是佛心，正好念佛；若人悟道，道須佛證，正好念佛。」（見《雲棲遺稿》卷三）可以體現這一理念。其思想的歸趣雖說在於淨土，但對於華嚴與禪宗也頗有造詣。
1. 答淨土四十八問 並序
2. 淨土疑辯
3. 答蘇州曹魯川邑令書（二通•附來書）
4. 學大乘不輕二乘論
5. 梵網經心地品菩薩戒義疏發隱序
6. 高峯大師語錄序
7. 往生集序
8. 緇門崇行錄序
9. 自知錄序
10. 戒殺文
11. 放生文
12. 題殺生炯戒
13. 重修上方寺鑿放生池記
14. 北門長壽庵放生池記
15. 重修雲棲禪院記
16. 先考妣遺行記 有序
17. 開示（選七篇）
普勸念佛二篇 普勸念佛往生淨士 普勸戒殺放生 示沈少宗 伯薦夭求子 示定庵上人 示似空廣伸
18. 正訛集（選十四則）
千佛衣 三衣 出家父母反拜 亡僧 活焚 三山不受三災 清齋 金剛經纂 高王觀世音經 觀音香山巷 預修 寄庫 盂蘭盆 梁武帝
19. 竹窗隨筆（選三十則）
出家（一） 出家（二） 行脚住山 參方須具眼 僧宜節儉 建立叢林 僧堂 放參飯 立禪 誦經雜話 見僧過 已事辦方可為人 時不可蹉 惜寸陰 經教 語錄 教外別傳 宗門間答 廣覽 世智當悟 智慧 佛經不可不讀 好樂 靜之益（一） 静之益（二） 聞謗 棄捨所長 醉生夢死 祀神不用牲 戒殺
20. 警眾 八條
21. 僧約十章
22. 十可歎
23. 三可惜
24. 囑語
