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中醫藥學是我國古代科技寶庫中的一枝奇葩。它以博大精深的醫理，神驗奇效的醫術濟世活人，傳承數千年，至今仍屹立於世界醫學之林，熠熠生輝。中醫藥學典籍是蘊藏、保存、傳播這份寶貴遺產的知識載體，它記載了歷朝歷代醫藥學家防病治病的臨床經驗，方藥研究成果及建立在深厚的中國文化基礎上的醫學理論體系。這些典籍千百年來穿越時空、歷盡滄桑、存留至今，足以證明它的科學內核的強勁生命力。它不僅見證著往日的輝煌，而且必將在今後我國醫藥科學發展史上譜寫更加耀眼的新篇章。
中國中醫科學院自建院以來始終把對中醫古籍的調查研究置於重要地位，自上個世紀五十年始，曾三次進行全國性的中醫古籍資源調查，基本上掌握了中醫古籍的存世狀況及在全國各地區各系統圖書館的收藏分佈情況。同時，通過這三次系統調研，也瞭解到在現存于世的萬余種中醫古籍中，將近四成已淪為孤本。這些孤本醫書中不乏稀世之珍品，如宋元以來歷代精刻之善本、名醫手稿、名家批校本、精寫本、刻書底稿、彩繪本草圖、經絡圖、導引圖等等。這些珍貴的醫藥典籍有的流失海外，國內已不存；有的束之高閣，塵封閉鎖，不為人所知所用。
更令人擔憂的是，有些孤本醫書由於多年的自然侵蝕和保管條件不善而面臨絕本的危險。搶救、保存這些珍貴的文化遺產已是刻不容緩的歷史責任，也是繼承發揚祖國醫學遺產的重要任務之一。監此，我們自上個世紀九十年代中期開始對分散收藏於全國各地圖書館的孤本醫書進行調查研究，根據這些書的學術內容、文獻價值、版本價值、應用價值、書品狀況做出評價。選擇其中書品完好，有長期保存價值和推廣應用價值的孤本醫書影印出版，推出《中醫古籍孤本大全》系列叢書。並於二零零零年成立了《中醫古籍孤本大全》選編工作委員會，以加強對孤本醫書選編出版工作的領導。為確保這套叢書的選編品質，還聘請了中醫界知名專家、學者為學術顧問，從學術上進行把關和指導。
